نینجاها با اصل و نسب های مختلف شروع به ناپدید شدن در تمام کشورها و سرزمین ها می شوند و همه مقصر اصلی را کشور آتش میپندارند. به دستور تسوناده، کاکاشی قربانی می شود تا از جنگ با دیگر کشورها جلوگیری کند. ناروتو از با کمک دوستان برای جلوگیری از مرگ او تلاش میکند...