آنچه که Aftermath را از تمام محتویات الحاقی قبلی مورتال کامبت ۱۱ متمایز می‌کند، بخش داستانی جدیدی است که سازندگان در آن تدارک دیده‌اند. داستان Aftermath، بلافاصله پس از اتفاقات نسخه اصلی بازی آغاز می‌شود؛ جایی که پس از شکست خوردن کرونیکا، به‌نظر می‌رسد که همه‌چیز به روال عادی برگشته و لو کنگ و رِیدن در حال برنامه‌ریزی برای خلق آینده‌ای بهتر برای تمام جهان‌ها هستند. با این حال همه‌چیز با ظاهر شدن ناگهانی شنگ سونگ تغییر می‌کند و این شخصیت مرموز که معمولا او را با افکاری پلید می‌شناسیم، خبر از تهدیدی بزرگ می‌دهد که می‌تواند به ضرر تمام جهان‌های بازی باشد. با وجود تردید‌های اولیه